日本では、年間およそ20万体もの遺体が「死因不明」のまま扱われていると言われている。しかし、法医学者による解剖が行われるのは、そのうちわずか1割程度。海外では一般的とされる死因究明も、日本ではまだ十分に行き届いていないのが現実だ。今もなお、多くの"死の真相"が闇に葬られている。そんな現状を打破すべく、アメリカの死因究明制度を導入することに。厚生労働省主導で新たに立ち上げられた法医学専門チーム「MEJ(メディカルイグザミナージャパン)」は、警察への調査指示や解剖の決定など、死因究明において捜査権限を持っている。そして、科学的知識と鋭い推理によって"隠された真実"を解き明かすだけでなく、その先にある"残された人の想い"にも向き合っていく。衝突し、迷いながらも成長していく個性豊かなメンバーたちが、"死因不明社会"と揶揄される日本の常識を、少しずつ覆していく。

主人公・水沢真澄は、アメリカでメディカルイグザミナーとして数多くの検死を担当してきた変わり者の天才法医学者。エリートでありながら、無造作な髪に気取らない装いと、どこかつかみどころのない人物だ。誰に対してもフラットに接し、物腰は柔らかいが、自身の信念は決して曲げない。わずかな矛盾も見過ごすことができない性格で、口癖のように、自ら問いかけるように「矛盾します」とつぶやく。そして、常識や先入観に縛られず、仕事に一切の妥協を許さない真澄は、ときに自ら現場に足を運び、徹底的に真実を追い求める。不器用で少し風変わりな性格ゆえ、「MEJ」のメンバーを振り回すことも少なくない。しかし、「LOVED ONE(遺体)」と向き合った瞬間、その空気は一変。圧倒的な観察力と独自の視点で真実を導き出し、"死"の先にある"生きていた時間"を静かにすくい上げていく。

一方、真澄とバディを組む「MEJ」のセンター長・桐生麻帆は、母子家庭に育ち、国の制度に支えられてきた過去を持つ。その経験から、「どんな人も笑って暮らせるような制度を作りたい」と官僚を志し、厚生労働省に入省するが、思うような成果を上げられず、出世競争にも敗れ、30代半ばを迎えて行き詰まりを感じていた。そんな折、厚労大臣の肝いりで発足した前例なき組織「MEJ」のセンター長に突然抜てきされる。医師免許もなく、法医学という未知の分野に戸惑い、弱音を吐きながらも、"死因不明"の裏に潜む現実と向き合う中で、次第に覚悟を深めていく麻帆。机上の制度では救えない現実を知り、官僚としての使命と居場所を見いだしていく。立場も価値観も正反対の真澄と衝突を繰り返しながら、二人はやがて唯一無二のバディへと変わっていく。